Zaštita oznake zemljopisnog podrijetla ili oznake izvornosti kao intelektualnog vlasništva ostvaruje se provođenjem odgovarajućeg postupka registracije oznake koju provodi za to nadležno tijelo. Osim definiranja zemljopisnog područja na koje se odnosi, ključno je pri zahtjevu za registraciju detaljno specificirati osobitu kvalitetu i svojstva koja proizlaze iz naznačenog zemljopisnog podrijetla.
Postupke za zaštitu zemljopisnih oznaka podrijetla i oznaka izvornosti za poljoprivredne i prehrambene proizvode (hranu), vina i jaka alkoholna pića provodi Ministarstvo poljoprivrede.
Za ostale proizvode i usluge, do uspostave novog sustava zaštite oznaka zemljopisnog podrijetla za obrtničke i industrijske proizvode na razini Europske unije, postupak u skladu sa Zakonom o oznakama zemljopisnog podrijetla i oznakama izvornosti proizvoda i usluga i Pravilnikom o oznakama zemljopisnog podrijetla i oznakama izvornosti proizvoda i usluga provodi Državni zavod za intelektualno vlasništvo.