Pristupom Republike Hrvatske Europskoj unije, počevši od 1. srpnja 2013. godine, Zavod je postao tijelo nadležno za izdavanje svjedodžbe o dodatnoj zaštiti primjenom odredaba Uredbe (EZ) 469/09 Europskog parlamenta i Vijeća od 6. svibnja 2009. koja se odnosi na uvođenje svjedodžbe o dodatnoj zaštiti za lijekove namijenjene ljudima ili životinjama i Uredbe (EZ) 1610/96 Europskog parlamenta i Vijeća od 23. srpnja 1996. koja se odnosi na uvođenje svjedodžbe o dodatnoj zaštiti za proizvode za zaštitu bilja.
Svjedodžba o dodatnoj zaštiti izdaje se u slučaju kada je temeljni patent priznat za proizvod koji je sastavni dio lijeka namijenjenoga ljudima ili životinjama ili sredstva za zaštitu bilja, za čije je stavljanje u promet potrebno prethodno odobrenje nadležnoga državnog tijela.
Kada je riječ o lijekovima i sredstvima za zaštitu bilja, iskorištavanje novog proizvoda obuhvaćenog zaštićenim izumom mora se odgoditi sve do izdavanja odobrenja za stavljanje tog proizvoda u promet, od nadležnih zdravstvenih i poljoprivrednih tijela. Iz toga se razloga upravo za vremenski period koji je bio potreban za izdavanje prvog takvog odobrenja produljuje njihovo iskorištavanje izdavanjem svjedodžba o dodatnoj zaštiti.
Treba istaknuti da se svjedodžbom ne produljuje trajanje čitavog patenta, već isključivo zaštita proizašla iz temeljnog patenta za aktivnu tvar lijeka ili sredstva za zaštitu bilja.
Za održavanje svjedodžbe potrebno je plaćati propisane troškove.